干细胞可以治疗的疾病有： 神经系统的疾病 •运动神经元病•多发性硬化•脊髓损伤后的截瘫•脑瘫•遗传性共济失调•糖尿病足•股骨头坏死•脑血管疾病••脑梗塞•下肢缺血性疾病• 肺动脉高压病•心血管疾病等等。
目前干细胞技术治疗的主要疾病（1）视神经发育不全（2）脑梗塞、脑出血、脑外伤、脊髓损伤后的截瘫（3）肌萎缩侧索硬化症、脊髓性肌萎缩、多发性硬化（4）老年痴呆症、脑发育不全、脑萎缩、共济失调（5）长期昏迷、植物生存状态（6）脑瘫、小儿缺血缺氧性脑病、智力低下（7）脊髓炎后遗症等神经系统疾病（8）糖尿病并发症（9）股骨头坏死等等。
干细胞治疗肾病：
1.干细胞移植治疗肾病的原理： 因干细胞具有“无限”增殖，多向分化潜能，具有造血支持，免疫调控和自我复制等特点。可作为理想的“种子”细胞用于病变引起的组织器官损伤修复。近年来基础研究发现干细胞可分化成肾固有细胞，肾实质细胞等，所以干细胞移植后对肾脏功能具有良好的修复和重建作用。
2.干细胞治疗肾病的特性和优势：
①具有强大的增殖能力和多向分化潜能，能够增殖分化并产生大量后代。
②通过细胞间的相互作用及产生细胞因子抑制T细胞的增殖及其免疫反应，从而发挥免疫重建的功能。
③具有来源方便，易于分离、培养、扩增和纯化，多次传代扩增后仍具有干细胞特性。
④低免疫原性。因细胞处于原始状态，不易被识别，所以不存在免疫排斥的特性，没有血型匹配问题。
⑤长期传代不改变生物学特性。可分化成肾固有细胞，肌细胞，肝细胞，成骨细胞，软骨细胞等多种细胞的能力。
正是由于干细胞所具备的这些免疫学特性和优势，使其在肾病治疗方面具有广阔的临床应用前景。
干细胞治疗小儿脑瘫干细胞移植治疗小儿脑瘫是根据细胞具有自我更新及分化为神经元，星形胶质细胞，少突胶质细胞潜能的神经前体细胞，细胞移植后分化的神经元补充缺损的神经元，并促进小儿脑组织中的神经细胞分化发挥功能，恢复脑神经的正常生长发育，改善大脑的认知功能障碍，为脑性瘫痪小儿进一步康复提供了更多的机会，已为先进最有效的治疗方法。并且年龄越小，再构成代偿能力越强，治疗的可能性就越大。尽早干预，治疗是预防小儿脑瘫致残的唯一途径。
干细胞移植治疗肝硬化:
自身免疫性肝病是由自身免疫反应引起的一种特殊类型的慢性肝病，过去认为自身免疫性肝病比较罕见,近年来由于对此类疾病认识不断深入以及有关免疫学检查方法和相关检查方法的引进和提高,临床上发现我国人群中自身免疫性肝病的患者不断增多。临床常见的自身免疫性肝病包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性肝硬化及原发性硬化性胆管炎，很多自身免疫性肝病患者还伴有其他自身免疫性疾病如干燥综合症、类风湿性关键炎等等。
国际会议将自身免疫性肝病确定为非病毒感染性的自身免疫性疾病，病人由于免疫调控功能缺陷，导致机体对自身肝细胞抗原产生反应，目前传统治疗还是以免疫制剂和激素为主，但无论是免疫抑制治疗还是激素冲击治疗，均在早期阶段有一定疗效，至肝硬化阶段，不仅疗效不明显，激素的不良反应也明显加重。
干细胞具有免疫调控作用，对自身免疫性疾病能进行组织修复和免疫调节，从而达到治疗疾病的目的，如风湿免疫科已开展的系统性红斑狼疮、天疱疮、内风湿性关节炎、硬皮病和皮肌炎等，都取得了非常好的效果。
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